细菌和真菌都属于微生物，微生物都是用肉眼看不见或看不清楚的微小生物的总称。他们是芽苗菜栽培病害的主要病原体。

细菌是一类细胞，结构简单，细胞避坚韧，一二等分裂方式繁殖和水生性较强的原核生物。凡在温暖、潮湿、和富有生机的地方都有大量的细菌在活动。大量聚集居处常会发出特殊的臭味或酸败味。用手抚摩长有大量细菌的物体表面时，有粘、滑的感觉。在固体食物表面如果长出水珠状、鼻涕状、浆糊状、颜色多样的细菌菌落或菌苔的地方，用小棒挑下常会拉出丝状物来，这就说明有大量细菌在活动。长有大量细菌的液体会呈现混浊、沉淀或漂浮一片片“白花”并伴有大量的气泡冒出。细菌的形态十分简单，基本上只有球状、杆状、螺旋状。

霉菌是丝状真菌的一个通俗名称，意即“发霉的真菌”。通常指那些菌丝体比较发达而又不产生大型子实体的真菌。大都生长在潮湿的气候下，肉眼可见的丝状、绒状或网状的菌丝体。有较强的陆生性。在自然条件下常引起食物、工农产品的霉变和植物的真菌病害（例：马铃薯晚疫病、麦锈病等）

在芽苗菜栽培上由于管理不当和气候多变都会发生细菌和霉菌的病害。在空气湿度比平时都高的情况下几乎的芽苗菜如果种子本生抗性稍弱细菌、真菌都会侵入破坏其细胞失之造成病害。在霉变的情况下我们很容易就可以识别：发生霉菌侵害的种子或成菜局部表面会出现丝状、绒状、网状的物体，那就是霉菌。特别是在霉雨季节几乎所有的品种都会被霉菌侵害。而细菌的侵害主要在与营养物质比较高的，（比如豌豆，黄豆等）而且颗粒比较大的种子上。因为此类种子能量转换激烈，活性大。在强烈的呼吸作用时经过酶的活动会分泌出大量能使细菌滋生的营养物质，也就是我们平时看到的透明似鼻涕状的液体。这些分泌物没有即使的清除加上栽培房内的温度，湿度导致细菌的快速生长繁殖。大量的细菌破坏种子的生理机能和组织使之造成病害而烂种。少数种子烂种后细菌在适宜的生长环境中迅速的蔓延感染其他种子造成了我们所见的大面积烂种。我们分析之后得出三点结论：一，种子先是由于本身抗性差先被细菌感染而烂种；二，有于缺氧后进行无氧呼吸而死亡后细菌侵入（比如积水）；三，呼吸作用时产生的粘状物体给细菌的生长提供场所而造成的细菌侵害。如果我们没有及时的处理好细菌性病害，那细菌还会继续侵蚀下批甚至以后这个栽培房内所有的种子。可想而之，细菌性病害是芽苗菜栽培最可怕的病害。

所以我们平时栽培芽苗菜的栽培房应每天对栽培房清理。发现有烂种的应及时处理掉以免细菌继续扩张造成其他种子的病害。还应每天清扫栽培房最好一天能有两次左右，早上与晚上。种子经过一个晚上的呼吸作用会分泌出液体滴到地面上，上面所说的会是细菌的生长地，所以应即使的清理掉。也要定期的进行大面积的消毒。最好都用现在物理杀毒所用的电功能水的酸水。其杀菌作用比一般的药剂要快效果要好，还不会有残留造成要害。（具体有关于电功能水的具体文章，可在本站搜索）还有注意的是通风换气。这也是比较重要的一个环节。新鲜空气至少不能造成无氧呼吸，栽培房的经常换气能降低空气湿度这样也能有效控制细菌繁衍。总之，无菌环境是芽苗菜栽培不可缺少的。

以下图示为常见的真菌、霉菌的病害：（第一张为葵花苗受霉菌病害，其余的都为细菌侵染性病害）